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PACES / module 4

ECNi / LCA

A. Le programme officiel

Le programme a été publié au Bulletin Officiel de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche du 16 mai 2013

La LCA (Lecture Critique d’Article) est définie par :

On peut aussi retrouver des indications dans les compétences génériques à acquérir au cours du 2^ème cycle :

Scientifique :

L’étudiant comprend que pendant toute sa vie professionnelle il devra remettre en question et chercher à réactualiser ses connaissances afin de garantir son domaine d’expertise. Il comprend l’intérêt de la démarche scientifique pour élaborer de nouveaux savoirs. Il :

• Situe la place de la recherche dans l’apport des connaissances nouvelles et dans l’évolution de la pratique professionnelle ;
• Démontre sa connaissance des différents aspects de la recherche biomédicale ;
• Explique les différents niveaux de preuve et les limites de ses connaissances scientifiques ;
• Accède aux informations (gestion internet et anglais médical) et sait les évaluer de manière critique ;
• Démontre sa capacité d’acquérir des concepts relatifs à la médecine factuelle et à les utiliser dans diverses situations cliniques ;
• Participe à la formulation d’une problématique de recherche face à une situation non résolue et envisage les pistes susceptibles de résoudre cette problématique.

B. L’épreuve

Les anciennes recommandations du CNCI et le Bulletin Officiel du 30 août 2001 précisaient que :

• Aucun calcul nouveau ne peut être demandé.
• Un commentaire de tableaux, figures ou calculs statistiques peut être demandé.
• La forme de l’article peut être discutée […]
• Il ne peut être posé de questions de mémorisation sur le sujet étudié ni de questions s’écartant de l’article
• Les questions ne sont pas posées dans un langage de spécialistes. Elles doivent être comprises simplement par tout étudiant de deuxième cycle. […]
• Si une définition pose problème, c’est‐à‐dire si elle peut faire l’objet de discussions, la définition retenue pour cette épreuve doit être précisée dans l’intitulé.

De son côté, le SIDES donne d’autres informations mais elles datent de 2013 :

• 2 articles scientifiques
• 30 questions
• 2 articles en anglais à partir de 2017

Si on se réfère à l’arrêté du 20 juillet 2015, l’épreuve de LCA aura les caractéristiques suivantes :

• 2 articles scientifiques d’une même valeur, d’une durée totale de 3 heures.
• Le 1^er article a une orientation clinique
• Le 2^ème article a une orientation physiopathologique
• Chaque article comporte de 13 à 17 questions à choix multiple, qui sont posées de manière progressive à l’instar des épreuves du 1° du présent article.
• La LCA compte pour 10% de la note finale

Quels types d’articles sont susceptibles de tomber ?

• D’après l’arrêté du 20 juillet 2015, il devrait y avoir un article de physiopathologie. Difficile de dire s’ils vont vraiment le faire car les étudiants sont particulièrement mal préparés à ce type d’article dans les facultés de médecine. En tout cas, il n’y a pas eu d’article de physiopathologie en 2016.
• D’après les anciennes recommandations du CNCI, il ne pouvait tomber qu’un article original (observationnel ou expérimental), excluant les revues systématiques, la recherche qualitative, les analyses médico-économiques, les études de qualité de soin, les études semi-quantitatives. À mon avis, ce sera toujours le cas.

Interne / thèse

La thèse d’exercice est une étape obligatoire marquant la fin des études de médecine ou de pharmacie. Bien qu’elle puisse être vécue comme une épreuve par certains, la thèse permet au futur professionnel d’apprendre à adopter un raisonnement scientifique à une question de recherche, à travailler avec des chercheurs et à apporter sa contribution à l’élaboration du savoir.

I. De l’idée à la thèse

Avant de se mettre à écrire sa thèse, quelques étapes de réflexion sont nécessaires.

A. Choix du directeur de thèse

Son choix est primordial, il devra vous accompagner et portera une part de responsabilité scientifique sur le résultat de votre travail. Les compétences à rechercher sont :

• compétences scientifiques : votre sujet doit se rapprocher de sa thématique de recherche afin qu’il puisse bien vous orienter et qu’il y trouve son intérêt.
• compétence méthodologique : il faut s’assurer qu’il a les compétences pour vous encadrer.
• compétences pédagogiques : diriger une thèse s’apprend. Si c’est sa 1ère direction de thèse, il peut se forme via les programmes de formation médicale continue ou co-encadrer la thèse avec un autre directeur.
• spécialité : généraliste ou spécialiste, le principal est qu’il soit en accord avec votre DES et votre future spécialité. Attention aux directeurs non généralistes hospitaliers qui connaissent mal les problématiques de la médecine générale ambulatoire.
• universitaire : si vous désirez faire une carrière universitaire, il peut être stratégique de choisir un directeur avec qui vous souhaitez travailler. Attention, les universitaires sont souvent débordés par leurs multiples activités vous obligeant à être autonome.
• du temps à vous consacrer : le temps est précieux chez les universitaires, il faut discuter dès le 1er entretien le temps qu’il pourra vous accorder. Si votre futur directeur ne répond pas à vos mails et que vous êtes obligé de le relancer, ça commence mal…

B. Le choix du sujet de thèse

Si vous n’avez pas d’idée précise, votre directeur de thèse doit pouvoir vous aiguiller sur un sujet de thèse concernant son domaine de recherche. Votre sujet devra vous motiver suffisamment ainsi que votre directeur.

Globalement vous aurez le choix entre la recherche qualitative et quantitative. D’autres méthodologies et divers formats existent : pédagogique, sociologique, historique, éthique… même en BD.

Attention, le sujet doit vous intéresser ! évitez les sujets abandonnés par d’autres internes ou les projets trop ambitieux.

Choix d’un co-thésard : de plus en plus de thèses sont réalisées à plusieurs internes afin de partager la quantité de travail et de permettre la réalisation de travaux de plus grand impact. Renseignez-vous au sein de votre université si elle autorise ce type de thèse et renseignez-vous sur vos potentiels co-thésards car la qualité du travail final dépendra de tous.

C. Thèse qualitative ou quantitative ?

La recherche qualitative est une méthode de recherche récente (apparition du terme MeSH en 2003) qui permet de répondre à certaines questions de recherche en médecine générale.

Cette méthode attire certains étudiants afin d’éviter de réaliser des analyses statistiques, elle semble facile : « Il suffit de faire quelques entretiens et les retranscrire… » et rapide : « Pas besoin d’aller fouiller des dossiers médicaux ».

Malheureusement, ce raisonnement est incorrect :

• Pas de statistique mais il faut savoir coder des données qualitatives
• Il faut se former à une nouvelle méthode rarement abordée en santé
• L’investissement en temps est important, notamment pour retranscrire les entretiens puis les coder.

Pour les internes, avant de choisir de réaliser une étude qualitative, mieux vaut peser les avantages et les inconvénients. Cette méthode doit correspondre question de recherche et susciter votre intérêt. Vous pouvez vous référer au chapitre spécifique sur la recherche qualitative.

Pour les directeurs de thèse, vous pourrez retrouver les principaux obstacles à la réalisation de thèse qualitative en médecine générale dans cet article d’Exercer.

D. Modalités administratives et universitaires

Chaque faculté dispose d’un bureau des thèses où vous trouvez les ressources nécessaires. Pour les médecins, vous pourrez présenter votre thèse à partir de 3 semestres validés.

Une fois votre thématique, votre sujet et la méthodologie choisies, certaines spécialités exigent que vous fassiez valider votre projet par une commission.

E. Planifier son travail

Une thèse de médecine dure au moins 12 mois. N’hésitez pas à prévoir large, surtout si on vous a proposé un poste débutant à une date fixe.

Dans son guide du thésard , H. Maisonneuve vous propose le rétroplanning suivant :

II. Le travail de recherche

Un travail de recherche suit presque toujours un processus identique. On peut le décomposer en 8 étapes chronologiques :

1. De l’idée à la recherche documentaire : en partant d’une idée de recherche, trouvez la question de recherche pertinente à l’aide de la recherche documentaire
2. Identifier la question et le type d’étude adapté :identifiez la question de recherche d’une étude et comprenez les principaux types d’études.
3. Élaborer un protocole : créez un protocole de qualité pour votre étude, comprenant le respect de la réglementation, l’éthique et la méthodologie
4. Recueil et saisie des données : apprenez à réaliser un questionnaire et un entretien, à recueillir et saisir les données
5. Analyse des résultats : analyser correctement des données quantitatives (statistiques) et qualitatives (théorie ancrée et phénoménologie interprétative)
6. Interprétation et critique des résultats : interprétez correctement les résultats d’un article et développez une analyse critique de sa qualité
7. Rédaction, communication et publication : déchiffrez les différentes parties d’un article original, rédigez votre thèse ou votre article, communiquez vos résultats à un congrès et publiez votre travail dans une revue.

III. La rédaction et la relecture

A. Relecture

Avant d’imprimer le texte définitif, vous devez faire relire votre thèse par des relecteurs. Vous pouvez les choisir librement.

Vous pouvez choisir 1 ou 2 relecteurs de votre famille qui pourront corriger les erreurs de frappes ou les fautes d’orthographe, ainsi que des collègues qui pourront critiquer le fond du travail.

Certains logiciels de correction d’orthographe et de grammaire sont aussi très performants comme Antidote de chez Druide.

B. Les chapitres supplémentaires

Votre thèse devra inclure certaines parties imposées par votre université :

• Couverture
• Liste des professeurs et/ou maîtres de conférence de l’université
• Serment d’Hippocrate
• Dédicaces et remerciement
• Table des matières
• Liste des abréviations
• Annexes
• Résumé anglais-français
• 4ème de couverture
• …

C. Impression

Vérifier d’abord les recommandations de votre université : grammage du papier, format…

Habituellement, on choisit :

• Grammage : d’au moins 80 g/cm2 afin que la feuille ne soit pas trop transparente
• Format : A4 avec des marges suffisantes
• Reliure : thermocollée
• Numérotation : chiffres arabes
• Typographie : privilégiez une police sans empattement (sans serif) type helvatica, futura, arial. Certains utilisent un empattement triangulaire type Times ou palatino. Cette typographie était utilisée par les journaux de presse afin de faciliter l’impression.
• Garder la même typographie dans tout le texte (titre, paragraphe…)
• 1 exemplaire par membre du jury et pour votre famille, ainsi que quelques exemplaires en plus.

D. Permis d’imprimer

Une fois votre thèse prête, vous devez faire une demande de « permis d’imprimer ».

Accompagnée de certains documents, votre thèse non reliée doit être déposée au bureau des thèses pour être validée. Attention aux délais, il faut souvent la déposer au moins 1 mois ouvert avant la soumission.

Le « permis d’imprimer » vous sera délivré 1 semaine avant vote soumission, vous autorisant à soutenir.

IV. Soutenir

A. Choisir son jury

Il faut compter plusieurs semaines pour choisir son jury à l’aide de son directeur de thèse et pour convenir d’une date.

Le jury sera chargé d’évaluer votre travail. Après avoir lu votre thèse, il écoutera votre présentation lors de votre soutenance, vous posera des questions, validera votre thèse et vous accordera, au besoin, une distinction.

• Président du jury : il doit avoir la fonction de PU (Professeur Universitaire) et doit être en exercice. Attention, habituellement, la soumission de thèse se déroule dans l’université de votre président de jury.
• Membres du jury : au total, ils doivent être au moins 4, comprenant 3 enseignants titulaires (PU ou MCU). Votre directeur de thèse en fait partie. Étant des enseignants contractuels, les chefs de cliniques ne sont pas éligibles.

La proposition de jury doit être acceptée par le directeur de l’université et ne sera plus modifiable.

La thèse conduisant au diplôme d’État de docteur en médecine est soutenue devant un jury présidé par un professeur des universités des disciplines médicales titulaire et composé d’au moins quatre membres dont trois enseignants titulaires des disciplines médicales désignées par le président de l’université sur proposition du directeur de l’unité de formation et de recherche médicale concernée.

section II, article 20 du décret n°2004-67 du 16 janvier 2004 relatif à l’organisation du troisième cycle des études médicales et du décret n°2010- 700 du 25 juin 2010 modifiant le décret n°2004-67 du 16 janvier 2004

B. Convenir d’une date

Attention à bien choisir la date. Anticipez plusieurs semaines en avance, surtout si vous souhaitez passer en octobre (à cause d’une prise en fonction universitaire en novembre).

Après s’être assuré que la salle des thèses était disponible, organisez le choix de la date et de l’horaire (en utilisant le logiciel Doodle par exemple). Réservez-la et envoyez une confirmation à votre jury.

C. La soutenance

Vous disposez de 15-20 min pour exposer oralement votre travail de recherche à l’aide d’une présentation écrite. Il s’ensuivra une séance de questions du jury pour éclaircir certains points.

Pour la communication orale, vous pouvez vous référer au chapitre dédié de LEPCAM.

Après une délibération, le jury rendra son verdict : reçu avec/sans correction.

Il pourra décider d’attribuer une mention votre travail en vous remettant les félicitations du jury ou une médaille.

D. Et après ?

Apéro !

Traditionnellement, la soutenance est suivie d’un « pot de thèse » organisé par la famille permettant au thésard, aux auditeurs et aux membres de jury de se désaltérer et d’échanger quelques mots.

Des certificats provisoires seront délivrés par la faculté pour permettre les démarches administratives (inscription à l’Ordre notamment).
NB : Il existe un référentiel gratuit « Le guide du thésard » . Bien qu’il soit édité par le laboratoire Sanofi, n’hésitez pas à le consulter.

« Publish or perish » / Postdoc

La carrière universitaire est un parcours semé d’embuches.

Une préoccupation importante des chercheurs (ou plutôt des universitaires) est de publier dans une revue avec l’impact factor le plus élevé. Mais pourquoi cette obsession ?

Tout est question d’argent et de renommée :

• Les unités de recherche de gagnent de l’argent pour chaque point SIGAPS : 1 point = 750 euros environ (par an pour une période de 4 ans)
• Les chercheurs gagnent en notoriété leur permettant postuler à des postes universitaires. Les candidats MCU (Maître de Conférence des Universités) doivent habituellement avoir au moins 200 points SIGPAS et les candidats PU au moins 400.

Ainsi, la bibliométrie est l’application de méthodes statistiques et mathématiques pour mesurer, évaluer, étudier, la production et la diffusion d’ouvrages, d’articles et d’autres publications. Les indicateurs issus de la bibliométrie permettent de classer les chercheurs et les organisations. Un guide détaillé a été élaboré par l’Université de Bretagne.

I. Les points SIGAPS

Le SIGAPS (Système d’Interrogation, de Gestion et d’Analyse des Publications Scientifiques) permet de calculer de nombre de points que gagne chaque chercheur, service ou université grâce à une publication. Le score SIGAPS d’un chercheur, d’un service ou d’un CHU correspond à la somme des scores de tous ses articles.

L’équation pour calculer les points SIGAPS est la suivante :

Score SIGAPS pour 1 article = coefficient catégorie x coefficient position.

• Plus la revue est importante, plus son IF sera élevé, plus la catégorie sera élevée, plus elle fait gagner des points.
• Plus votre nom est bien placé dans la publication (début ou fin), plus vous gagnez des points.

A. Le financement de la recherche

Avant 2007, le financement des CHU (Centres Hospitalo-Universitaires) dépendait d’une enveloppe forfaitaire représentant 10,5 à 13 % du budget du CHU.

En 2007 est apparu le modèle MERRI (Missions d’Enseignement de Recherche de Référence et d’Innovation) modifiant les modalités de financement. Il comprend une part :

• Fixe pour couvrir les surcoûts liés au temps attribués à l’enseignement et la recherche déduit du temps médical.
• Variable couvrant les structures d’appui à la recherche clinique (CIC, DRCI), les PHRC (Programme Hospitalier de Recherche Clinique), l’enseignement et la formation du personnel, les activités hautement spécialisées, les activités de soins réalisées à des fins expérimentales, la réalisation de soins non couverts par les nomenclatures ou les tarifs (ex. Autorisation Temporaire d’Utilisation, Biologie Hors Nomenclature).
• Modulable dépendant des publications, du nombre d’étudiants, des brevets et des scores liés aux essais cliniques.

Développé par le CHU de Lille en 2002, le Système d’Interrogation, de Gestion et d’Analyse des Publications Scientifiques SIGAPS permet de recenser et évaluer automatiquement les références bibliographiques produites par un chercheur ou une unité de recherche, à partir de la base Medline (Pubmed). Il a été adopté en 2007 pour évaluer les publications scientifiques de la partie « modulable » du MERRI.

A noter que les Départements de Médecine Générale ne sont pas sujets au MERRI et ne dépendent pas du SIGAPS pour leur financement. De plus, la médecine générale qui dispose désormais de sa propre sous-section au CNU, ne prend pas compte des points SIGAPS dans la nomination de ses universitaires.

B. Le référencement des publications

Le logiciel interroge la base de données Medline à partir de PubMed. Chaque chercheur est identifié avec son nom et son initial. Le logiciel télécharge les citations correspondantes pour valider ce référencement en 2 étapes :

• informatique : en recoupant des informations tel l’établissement
• manuelle : à partir d’une liste de publications présélectionnées, le chercheur validera annuellement les publications dont il est bien l’auteur.

C. Le calcul du score SIGAPS

Le logiciel va permettre de calculer un score pour l’établissement, le service, le chercheur. Il est calculé annuellement basé sur :

• le nombre de publications
• la qualité de la revue à travers l’impact facteur « relatif »
• la position de l’auteur dans la publication

1. La qualité de la revue

Elle est évaluée par l’impact factor d’une revue (issu du JCR, cf au chapitre correspondant) au sein d’une discipline (issu du CNU, Conseil National des Universités). En effet, la difficulté à publier dans une revue d’impact factor (IF) élevé dépend de la discipline.

Les revues sont classées en 5 catégories (de A à E) en fonction de leur IF.

Il existe une 6ème catégorie appelée NC (Non Classée), correspondant aux revues n’ayant pas d’IF (non classée sur JCR). Ces revues représentent 12 % des articles publiés, et correspondent à :

• Surtout les publications dans des revues françaises qui sont souvent très peu référencées dans le JCR.
• Les publications de revues récentes (<2-3 ans) car l’IF se calcule sur plusieurs années.
• Certaines publications lors de congrès référencés sur PubMed (proceeding) mais non référencées dans le JCR.

Pour chaque discipline, on calcule plusieurs indices de position de l’IF : le 1er quartile (Q1), la médiane (ou 2ème quartile), le 3ème quartile (Q3) et 90ème percentile (P90). On regarde ensuite où se trouve l’IF de la revue dans laquelle on a publié, ce qui permet de déterminer la catégorie de la revue. Le classement SIGAPS des revues est accessible sur le site de votre CHU, par déduction, les généralistes n’ont pas de classement SIGAPS.

Chaque catégorie correspond à un nombre de points :

catégorie de la revue	A	B	C	D	E	NC
nombre de points	8	6	4	3	2	1

2. La position de l’auteur

Certaines positions sont stratégiques lors de la publication d’un article. En fonction du placement de son nom dans les auteurs, le nombre de points se différent :

position de l’auteur	1er	2ème	3ème	autre	avant dernier	dernier	investigateur
nombre de points	4	3	2	1	3	4	1

Cas particulier :

• Si plusieurs auteurs d’une même équipe se trouvent dans un article, on prendra seulement le score le plus élevé.
• Si 2 auteurs sur une même publication font partie d’un pôle différent au sein d’un CHU, chaque pôle pourra comptabiliser ses scores mais le CHU ne comptera que le meilleur.

II. SAMPRA

SAMPRA est un nouvel outil bibliométrique complémentaire au SIGAPS en cours de développement au CHU de Lille.

Il permet de mieux recenser les publications d’un établissement (et non pas d’un chercheur seul).

Alors que SIGAPS est plus orienté pour les hôpitaux, SAMPRA concerne plutôt les universités et établissements de recherche.

Il a l’avantage :

• d’apporter une meilleure visibilité des établissements, des unités et des chercheurs.
• D’harmoniser l’indexation des auteurs pour qu’ils soient mieux référencés
• De couvrir un domaine de recherche plus large en interrogeant aussi le Web of Science Core Collection (Thomson Reuters) alors que SIGAPs n’interroge que PubMed.
• De mieux identifier les auteurs en utilisant l’ORCID et le ResercherID.

En revanche :

• Il ne concerne pas les chercheurs indépendants ou les maisons de santé universitaire à moins d’avoir une activité de publication suffisamment importante
• Il ne prend toujours pas en compte l’activité d’enseignement des chercheurs
• Il n’influe pas sur l’attribution des crédits MERRI

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